Trainer tragen beim funktionellen Training viel Verantwortung. Denn wer beispielsweise Fehlstellungen nicht erkennt, läuft Gefahr, beim Kunden Verletzungen hervorzurufen. 

Mangelnde Qualitätssicherung. Da in der Fitnessbranche natürlich auch gewirtschaftet werden muss und sich die wenigsten Kunden eine Eins-zu-eins-Betreuung leisten, finden die Trainings in (Klein-)Gruppen im Circuit- und Tabata-Style statt. Die Übungen werden kurz erklärt, man positioniert sich bei der ersten Station und die lauten Bässe sowie das leidenschaftliche Motivieren des Trainers pushen den Teilnehmer in Richtung „schneller, höher, weiter“. Bewegungsausführungen und Kompensationsmechanismen werden zu wenig und mangelhaft kontrolliert, sodass Kompensationen die Konsequenzen sind. Fehlbelastungen sowie Überlastungsreaktionen sind nicht selten eine Folge.